2013年12月21日

晴れ　富士山がきれい

来週の火曜日を出張で仕事する以外はすべて休暇をとって家に戻る予定なので、三連休は休み返上で働きます。というよりも、働かないと来月の仕事が進みません。今のところ、過去のデータ解析についての図を作成することと、査読されて戻ってきた論文の修正をほぼ終わらせることを目標にします。

ただし、火曜日の出張の準備も終わっていないので、こちらも進めたいと思います。

まずは過去データの解析についてですが、いままでglmを使ってlsmeansを計算するときに、expand.gridとpredictを組み合わせて計算していたのですが、調べていたらRのパッケージでlsmeansというものがありました。読んでみると、すぐに使えそうなことが分かりましたので、さっそく試行。

例えば、
　　results <- glm.nb(y~ var1 + var2 + var3 + var1:var2+offset(log(var4)), link="logit")
のような計算をさせて、このうちvar1のlsmeansを取り出した時には、
　　library(lsmeans)
　　test1 <- lemeans(results, ~var1*var2)として出力させて、var1の部分だけ相加平均し、Scale化
もしくは、
　　test2 <- lsmip(results,y~var1,conf.=0.95)としてしまい、Scale化してしまえば、一緒の結果になるようです。
出力のさせ方は、SASに準拠しているようです。GLMMなどでも、結局はobjectのところを指定してしまえば、すぐに計算してくれるようです。これで、SASを使うこともなくなるかも知れません。expand.gridの弱点が、メモリ制限だったので、これが解決し、すぐに答えが出てくるのであれば、素晴らしいです。

以上備忘録。またパッケージの内容を読んでみて、使えそうな所があれば備忘録に書き加えてみたい。

次に来年度の予算について積算してみました。それを、偉い方に見せて相談。偉い方は自宅で仕事のようです。研究者って、本当に仕事しか頭にない？？ということも無いでしょうが・・・。

昼からは来週の会議の資料作成と、若手研究者の論文修正に付き合いました。自分の論文の修正もある程度進んできました。明後日にはひと通りの修正が終わり、少し検討する時間もとれるのかなと思います。その後は、安定同位体比に手を出してみよう。

追記：Google Scholar My Citationsを利用して、被引用論文のチェックなどをしているのですが、やっとh-indexが二桁になりました。これは、主要論文が10本あり、それが他の人に10回引用されたことを意味します。無駄に論文は書いているのですが、マイナーな内容なのであまり引用数が多くありません。ただし、最近はh-indexが上がるように論文を書くよう、もしくは投稿するように心がけています。少しずつ成果が出始めたか？

朝：トースト
昼：稲荷寿司
夜：ビンナガマグロの刺し身

勉強：EXオープン模試を受けたようです。二番目の子供も明日、はじめてEXオーブン模試を受けます。